冷库是以低温保存肉品，并且常常搬进搬出，是很容易被微生物污染的场所。被病原微生物污染了的冷库，再贮存肉品很容易被污染，通过肉品调运供给商场而传播疫病。不卫生的冷库，还会发出令人不愉快的气味。
因此，定时或暂时（发作疫情时）消毒和除霉极为重要。冷库的消毒办法有两种：一种是对肉品已搬空的仓库，不升温，在低温条件下进行消毒。这种办法多在发生疫情时运用，经铲除污物消毒后，距离一段时间即可运用。另一种是将冷库设备房内所存肉品全部搬空，升高温度，清除地面、墙面、顶板上的污物和排管上的冰霜，在有霉菌成长的地方，用刮刀或刷子细心清除，然后进行消毒；用这种办法通常是定时进行。
关于冷库运用的消毒剂，不能运用剧毒和有气味的化学药品。预防和平时维护的更勤一些才是对冷库最好的保障，不耽误运营又卫生，所以最好不要等到有细菌才消毒。
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